Diversamente da quanto previsto dalla disciplina ante-riforma, che stabiliva una regime fiscale più favorevole per le società cooperative in generale (salvo ulteriori agevolazioni per determinate tipologie), i privilegi di carattere tributario vengono ora riconosciuti solo in favore delle cooperative a mutualità prevalente, che adeguino i loro statuti, alla luce delle nuove disposizioni, entro il 31 dicembre 2004. Per la definizione delle società cooperative a mutualità prevalente si rimanda a quanto già esposto.
Qui di seguito vengono indicate le principali agevolazioni fiscali previste per le cooperative a mutualità prevalente.
Agevolazioni relative alle imposte indirette
Imposta di bollo
Imposta di registro
Imposta ipotecaria
Tassa concessione governativa
Imposta sulle successioni e donazioni
Imposta sugli spettacoli
Ritenuta d'acconto
Imposta sul valore aggiunto (IVA)
INVIM (Imposta sull'incremento di valore degli immobili)
Agevolazioni relative alle imposte dirette
IRPEG (Imposta sul reddito delle persone giuridiche) e IRPEF
In relazione all'IRPEG, non concorrono a formare il reddito imponibile delle società cooperative e i loro consorzi:
a. le somme destinate alle riserve indivisibili, a condizione che sia esclusa la possibilità di distribuirle ai soci sotto qualsiasi forma, sia durante la vita dell'ente sia all'atto dello suo scioglimento (art. 12 legge 904/1977);
b. la quota di utile destinata ad aumento gratuito del capitale sociale sottoscritto e versato, purché tale rivalutazione sia disposta nei limiti degli indici ISTAT. In realtà, questa somma non è soggetta ad imposte fino al momento del rimborso. All'atto di rimborso sconta comunque una ritenuta del 12,5% a titolo di imposta (legge 59/1992).
Il d.l. 15 aprile 2002 n. 63 ha introdotto una normativa transitoria (valida per i due periodi d'imposta successivi a quello in corso al 31 dicembre 2001), la quale incide sul trattamento tributario delle società cooperative. Resta fermo il principio della non tassabilità degli utili destinati a riserva indivisibile. Tuttavia, nella fase transitoria il principio suddetto opererà non per la totalità degli utili ma per una percentuale degli essi, differenziata per settori (art. 6, comma 4).